Trazendo resultados do EstimateS para o R

Oi, pessoal!

Mais um script saindo, estou num ritmo bom, né não? 😀

Olha só, se você trabalha na área de biodiversidade e já teve que calcular uma curva de acúmulo de espécies ou uma estimativa de riqueza, aposto que já deve ter ouvido falar do EstimateS, o programa do Robert Colwell. O EstimateS é ótimo, mas não faz gráficos… Então que tal importar o output dele e levar pro R pra criar um gráfico bacaninha? É pra já:

Trazendo os resultados do EstimateS para o R

Agradecimento especial para o Raul Azevedo, pois foi ajudando ele que tive a ideia para este tutorial. Valeu!

Abraços

Prof Marcos

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4 ideias sobre “Trazendo resultados do EstimateS para o R

  1. Leonidia M. S. Cruz

    Boa tarde, Prof. Marcos!

    Como seria criar um gráfico com a curva de acumulo de espécies, um estimador e seus intervalos de confiança a partir do output do EstimateS no R? O EstimateS não gera o intervalo de confiança do Jackk2, como eu calculo?
    Obrigada!

    Seus posts estão sendo de grande auxílio!

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    Resposta
    1. Marcos V C Vital Autor do post

      Olá, Leonidia!

      Se não me engano, o EstimateS deve gera alguma medida de erro do Jack2; se não for o intervalo de confiança, deve ser o erro padrão (que ele chama de SD, que seria interpretado como desvio padrão, mas na verdade é erro, mas esta é uma longa história…).

      Se ele te dá o erro padrão, você pode usar a fórmula para calcular o intervalo de confiança ou simplesmente usar a aproximação (que é bem próxima mesmo) de que o intervalo de 95% é 2,96*ErroPadrão. Assim você calcula a partir do erro, e plota no R usando, por exemplo, aquele meu script de curvas de acúmulo.

      Abraços!

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      Resposta
  2. Emerson Luiz Campagneri

    Olá, Marcos.

    Gostaria de fazer o gráfico de rarefação em algum programa gratuito, qual é dica que você tem a me dar ai…e se possível um tutorial básico de confecção.

    Muito obrigado!

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    1. Marcos V C Vital Autor do post

      Olá, Emerson!

      Eu sugiro fazer no próprio R, tenho um tutorial para fazer com a parte gráfica aqui: https://cantinhodor.wordpress.com/2017/02/04/curvas-de-acumulo-de-especies-bonitinhas-no-vegan/

      O PAST também faz, e é bem fácil de usar – mas será bem limitado com as opções gráficas, ok?

      E é claro que existe o bom e velho EstimateS, que cria as curvas, mas não faz os gráficos (mas aí basta levar para o R, como no tutorial desta página, ou para qualquer outra plataforma, até o excel).

      Abraços!

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      Resposta

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